故事由两个部分构成，第一部分是“大悲刀”的故事：锻锋堂堂主段松乔六十大寿之时，身怀绝技的昙光和尚手持大悲刀前来寻衅，索取他师父印宗丢失的大慈刀，一番血战之后，挟持段家小姐而去，紧接着昙光的师弟真秀和尚尾随而来，渐次揭开层层江湖公案之谜；第二部分是“大慈刀”的故事，描写真秀/大慈刀/拈花禅与昙光/大悲刀/金刚禅之间的冲突，以及昙光自我怀疑、挣扎、救赎的过程。这是小说的故事主线（明线）——实际上，这部小说的情节看上去虽然很简单，却暗藏着多重叙事线索——《慈悲刀》的暗线乃是这部小说的核心线索，正如金庸先生的《飞狐外传》明叙胡斐的江湖生涯，暗地里却在罗织大侠胡一刀的事迹及胡、苗、田、范“四大护卫”的宿命人生。在作者从容不迫，剥茧抽丝的描述中，二十七年前，印宗和尚和江湖各大名门正派之间的那段江湖公案一一浮现：令人震惊的是，在貌似血腥残酷的江湖杀戮背后，却是印宗和尚热忱、艰难而执着地追求禅理大道/人生终极目标的苦痛命运。

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