这时，红四军内部围绕新型人民军队的建设问题在主要领导人之间出现了较大分歧。一些人认为，四军中的前委权力太大，主张设立军委以分散其过度集中的权力；另一些人则认为，由于战斗频繁和部队经常转移，军队指挥需要集中，没有必要再在前委之下另设军委。由于争论涉及到两位主要领导人毛泽东和朱德，前委决定召开中共红四军第七次代表大会讨论解决问题。大会所做的决议虽然对许多具体问题的结论是正确的或比较正确的，但却错误地否定了毛泽东提出的党对红军领导必须实行民主集中制和反对流寇思想的正确意见，认为毛泽东的领导存在家长制倾向，决定给予毛泽东以党内"严重警告"的处分，并将其由中央指定的前委书记一职改选掉了。会后，毛泽东离开红四军到蛟洋养病。

红四军七大后，由于受极端民主化思想的影响，无论大事小事，都要拿到会上去讨论，并且往往是议而不决，严重地影响了军事活动的效率。不久，陈毅赴中央汇报红四军内部的争论情况，红四军召开八大试图扭转这种局面，但没有成功。中共中央听取了陈毅的汇报后，明确指出毛泽东在政治上是"比较正确的"，并决定由陈毅执笔代表中央给红四军起草了著名的"九月来信"。"来信"肯定了毛泽东提出的"工农武装割据"和红军建设的基本原则，要求红四军要维护朱德和毛泽东的团结，毛泽东"应仍为前委书记"。从而为不久后在毛泽东的主持下召开红四军党的第九次代表大会，成功解决党内分歧，纠正各种不正确思想提供了重要条件。

1929年12月底，在中国人民军队发展史上具有重要历史意义的红四军党的第九次代表大会在福建上杭县古田村召开。由于会前主要领导人已形成共识，会议经过热烈讨论，一致通过了毛泽东起草的八个重要文件，总称《中国共产党红军第四军第九次代表大会决议案》，通常称为"古田会议决议案"，毛泽东重新当选为红四军前委书记。

古田会议决议，总结了红四军成立以来在部队建设上的基本经验，确立了中国人民军队建设的基本原则。关于红军的性质、宗旨和任务。决议指出，红军是执行革命政治任务的武装集团，必须坚决贯彻中国共产党的纲领、路线、方针和政策，完全服务于人民革命战争、根据地建设和土地革命，必须同时负担打仗、做群众工作和筹款三大任务。这是它区别于其他一切旧军队的根本标志之一，因此，必须反对单纯军事观点和不重视根据地的流寇思想。

关于党对红军实行绝对领导的原则。决议指出，红军中必须健全各级党的组织，实行政治委员制度，反对以任何借口来削弱党对红军的领导；要反对极端民主化和非组织的观点以及个人主义的错误倾向，党的决议一经通过，要通过群众路线去执行，少数人在自己的意见被否决之后，必须拥护多数人所通过的决议；党内要正确开展批评和自我批评，党员干部要接受党组织的监督。

关于红军中的政治机关和政治工作的地位。决议规定，在地方政权没有建立之前，红军的政治机关和军事机关在前委领导下平行执行各自担负的工作：政治训练及群众工作等，军事系统应接受政治系统的指挥；作战、宿营、给养等，政治系统应接受军事系统的指挥。决议批评了将政治机关隶属于军事机关的错误观点。关于红军内部的思想政治教育。决议从红四军的组成及处在农村分散游击环境的实际出发，指出对红军不断进行马克思主义和党的正确路线教育，是克服各种非无产阶级思想，提高军队政治素质，完成无产阶级政治任务的中心环节。关于处理红军内外关系的原则。决议指出，在红军内部，坚持官兵平等，实行民主主义制度；在军政关系上，军队要尊重人民政权机关，巩固它在群众中的威信；在军民关系上，军队要严格执行"三大纪律"和"六项注意"，同人民群众打成一片；在对敌军工作上，要求在坚决消灭一切敢于顽抗的敌人的同时，实行瓦解敌军和宽待俘虏的政策。