20世纪30年代初，因党的"左"倾领导人的错误领导，党在白区的组织经常因发动不切实际的示威游行而被暴露、遭破坏，给革命事业造成极大的危害。1931年4月24日发生的顾顺章被捕叛变事件，就曾险些使设在上海的中共中央领导机关陷于灭顶之灾。

顾顺章曾长期负责中共中央的安全保卫工作，掌握许多党的重要机密，了解只有极少数人才知道的中共中央机关和许多中央领导人的住址，也熟悉党的各种秘密工作方法，因此他的叛变对中央机关的威胁也就显得特别严重。国民党当局对于顾顺章的叛变极为重视，妄图利用他所提供的线索发动突然袭击，将中共中央首脑机关一举摧毁。

但顾顺章叛变的消息第2天就被中共安插在国民党中央组织部调查科的共产党员钱壮飞首先获知，他当即将顾顺章被捕叛变的消息火速派人告知了周恩来。周恩来得知这一险情后，立即找来时任江苏省委组织部长的陈云商量对策。他们周密分析了各种可能出现的问题，然后召集特科的聂荣臻、陈赓、李克农等人举行紧急会议，决定采取一系列非常措施，全力粉碎敌人的破坏，把损失降到最小程度：第一，对党的主要负责人加强保卫和转移，把顾顺章所能侦察到的或熟悉的负责同志和秘书迅速调换新手；第二，对一切可以成为顾顺章侦察目标的干部，尽快地有计划地转移到安全地带或调离上海；第三，审慎而又果断地处置了顾顺章在上海所能利用的重要关系；第四，废止顾顺章所知道的一切秘密工作方法，由各部门负责实现紧急改变。

兵贵神速。会议结束后的当天夜里，党中央和江苏省委以及国际机关就开始实行安全转移。经过几天的紧张战斗，终于赶在敌人行动之前，迅速妥善地保卫了党中央和江苏省委的安全。

在处理这场事关党中央和江苏省委主要负责同志安全的危机中，由于党的其他一些主要负责人和特科的主要领导人都已经暴露，无法继续公开活动，许多事情都是由陈云协助周恩来办理的。陈云在处理危急事务中所表现出来的坚定、沉着、勇敢和果断给许多领导人留下了深刻的印象。

事后，由于陈赓、李克农、钱壮飞等的身份已经公开，无法再在上海活动，不得不离开上海。中共中央决定对上海的中央机关进行调整，成立新的中央特别工作委员会，由周恩来、康生、陈云、潘汉年等主持工作，陈云负总责。

陈云接手中央特科工作后，难度大大增加。但中央特科在陈云的领导下，仍在极端困难的情况下，卓有成效地开展了许多重要工作。他除了注重特科原有的机构建设外，还特别注重外围组织的建设，以掩护特科工作的开展。

当时共建立了两个掩护机构，一个叫新生印刷所，一个叫裕大南货店。新生印刷所不仅负责秘密印刷党内机密文件，而且还是党的一个秘密联络中心。有一次，党的负责人要召开重要会议，难以找到理想的安全地点，决定将会议地点放在新生印刷所。为了不引起敌人注意，保证会议的万无一失，陈云先派人在印刷所门口贴了张出租房屋的广告，参加会议的人以看房子为由，陆续来到印刷所。等人都到齐了，再把广告揭下来。结果会议开得很安全。

裕大南货店主要负责党的地下活动经费的收入和支出。陈云利用他长期从事地下工作积累的经验，巧妙地利用敌人的弱点与他们进行周旋，将南货店经营得很好。

在裕大南货店开张时，陈云估计按惯例，到时会有一批流氓来讨所谓的"喜钱"（开门钱），实质为变相的敲诈。如果不把他们打发好，那么在开张的头3天，便会有大小流氓前来强赊硬买，不付任何钱款。为免于麻烦，陈云花了40元钱，买通了捕房的包打听，在开张那天，大包打听派了两个小包探，带着手枪站在店门口"保护"了两天，使得大小流氓都以为这家店主有"后台"，一个也没敢前来滋事。

一次，一位重要的负责同志被捕关进了捕房，但身份尚未暴露。党组织有要紧的事需和他联系。陈云决定亲自去捕房与那位同志接头，特科的同志觉得这样做太危险，纷纷为他的安全担忧，但陈云却显得胸有成竹。他用钱打通了捕房的关系，顺利地见到了那位负责人，完成了任务。