但康生对此却不予理会，在他控制的部门仍然我行我素。有一段时间，他兼任中央党校的副校长，他的妻子曹轶欧负责党校的干部工作，他们夫妻两人一样都带着有色眼镜来看待来自国统区的知识分子，执行"左"的政策。那时，为了多培养一些党的干部，提高全党的理论水平，中央组织部经常要选派一些党员干部到中央党校去学习深造。但康生等则经常借口有些学员家庭出身不好或本人社会关系复杂而予以退回。陈云在得知情况后，指示王鹤寿去找曹轶欧进行批评，说：是不是好党员，决定于该党员本身，家庭关系绝不能作为党员合不合格的条件，我们党内许多高级领导干部的家庭关系也是复杂的，能因此就否定他们的党性品德吗？白区党内的党员，在旧社会复杂的环境下工作和生活，能够认为他们接触一些复杂的社会关系，就否定他们的党性品德吗？陈云还要求王鹤寿当面对曹轶欧讲："你曹轶欧的家庭关系也不简单，你在上海大学读书时，社会关系也复杂，你能否定自己吗？而且经过中央组织部的调查研究，决定介绍入中央党校学习，你们不接受，是党内不正常的现象，你们的理由也是站不住的。"①康生对此不但不接受，反而对陈云很有意见，在审干运动中，他攻击陈云，说：坏人那么多，你们组织部是怎么搞的呀？并断言中央组织部的审干右了。因此，在审干运动中，作为中央组织部部长的陈云有一段时间实际上靠边站了。起初，毛泽东对陈云所持的态度也不很满意，曾在一次私下谈话中说："陈云是树叶子掉下来怕打脑壳的。"①但陈云仍坚持用实事求是的态度来审查干部，并且逐渐赢得了包括毛泽东在内的党内绝大多数领导人的赞同。这集中地体现由他受中央委托而主持的对"湖西事件"的处理上。

"湖西事件"发生于1939年8月山东湖西地区的肃托斗争中。当时，一个叫王须仁的暗害分子，混入了湖边特委，并担任了特委组织部长。他以肃托为名，用严刑拷打、指名问供、有供即捕等手段，把一些忠于党、在群众中有威信的干部，故意打成托派，300多人被杀害、300多人被逮捕。其他地区受此影响，也有300多人被杀。致使部队大量减员，连营以上干部大部受到牵连。湖西地区除肖县等3县外，党政组织已解体，造成了抗战中期一起最大的冤、假、错案。这一事件的后果是极为严重的，它不仅造成了乱打乱杀的恐怖气氛，而且使湖西地区党政军民工作受到了极大的损失。中共在该地区的工作基础被全部破坏，大批忠实的党员和进步群众遭到无辜的牺牲，党的威信也受到极大的损害。反共分子则乘机造谣、挑拨中共和群众的关系，煽动群众反对共产党和八路军。

事件发生后，陈云十分气愤。他认为尽管反革命分子借刀杀人的阴谋非常毒辣，但如果能正确掌握政策，仍然是可以避免的。可惜的是，湖西地区党组织没能避免这种暗害，上了敌人的当。

1940年初，他在中央组织部主持召开了湖西事件汇报会。陈云在会上指出：湖西事件之所以是错误的，其基本原因在于：当地党组织与军队的领导人在主观上夸大了托派的力量。一方面，不相信自己有相当斗争历史和经验的干部；另一方面，简单地把一切在工作中表现不好的人员都看成是托派，单凭口供，任意拘捕。而隐蔽的暗害分子则乘机活动，用一切办法扩大事态，以售其借刀杀人的毒计。事件的发生还在于，军队领导和地方负责人之间彼此不满，暗害分子正是利用这个空子来挑拨离间，进行暗害活动。军队政委包办代替了地方党的锄奸工作，不信任当地党组织，把关系人命大事完全委托给一个来历不明的暗害分子，任其胡作非为，实际上是帮助了敌人。事件发生后，当地党委和军队领导始终没有向自己的上级报告，这是决不能允许的现象。而上级领导机构在得知情况后没有及时采取步骤去解决这一事件，因而不能使这一事件立即停止扩大，也是党蒙受损失的一个原因。这种处理迟缓的重要原因，是由于对自己的忠实干部信心不够，对反革命的陷害手段估计不足。