经过讨论，与会者一致同意陈云的分析，并对善后工作提出了建议：要处分两个人：一是军队政委受暗害分子的利用，冒充中央名义，乱杀胡为，既不报告上级，又不接受上级的指示，应立即撤消工作，开除党籍，交军法处判刑；随声附和者，应撤消工作，由正式党员降为候补党员。要彻底登记并审查此次被捕杀的人，对无辜者应在党内刊物上公布他们是被托派和暗害分子陷害的无辜者，在党内召开追悼会，以示昭雪；对无辜受害者的家属，要分别派人去安慰；对被诬陷并被严刑拷打表示自首者，基本上要原谅他们的幼稚，不能当成党内叛徒看待，而应按情节轻重分别给予适当的处理；同时，在湖西应有计划地系统地审查干部，以清除内奸分子，保证党的纯洁与巩固，使各级领导机关必须掌握在经过考验的可靠党员的手里。但要严防藉此大批清洗或造成清洗运动，引起党内不安。更不能把一时在政治上、工作上、生活上犯过错误的同志看成反革命内奸分子。陈云还特别强调，山东分局派人去解决上述问题时，既要注意纠正"左"，又必须警惕右的两种倾向；既要反对麻木不仁，忽视反敌探工作奸细及暗害分子，又要反对"左"的思潮夸大反革命力量，引起自己惊慌失措。这两种倾向，对革命都是十分有害的。

会后，陈云还主持制定了一个正式的文件，即《中央关于湖西地区锄奸工作的决定（草案）》，后经中央批准，发到全国各地。这个决定对以后的锄奸工作，起到了重要作用。

陈云主持的对"湖西事件"的妥善处理，不仅很快就挽回并消除了因这一事件所产生的不良影响与后果，而且由此还提出了一系列日后处理此类事件的正确方针与原则。这也从一个侧面反映了陈云在审查干部工作中所采取的一贯做法是十分正确的，避免了给党的事业带来许多不应有的损失。但本应对这一事件负有领导责任的康生在会上非但不做任何检讨，反而在随后进行的审干工作中继续他的那一套极左的做法，给党的事业造成了更为严重的损失。