首先，陈云领导了东北地区的土改工作。早在1946年5月，中共中央就发出了"五四指示"，决定把抗日战争时期实行的减租减息政策改为没收地主的土地分配给农民的政策。据此，1946年7月，东北局扩大会议通过了《东北形势和任务的决议》，指出：只有解决农民的土地问题，他们才会坚定地跟着共产党干革命，农村根据地才能建立、巩固和发展，革命战争才能获得雄厚的物质基础和人力资源。相反，如果没有农民的支持，我们肯定会失败，谈不上在东北建立根据地。在国民党大规模的军事进攻之前，东北各解放区普遍进行了土改。到1946年9月底，据安东、辽宁（现辽宁中北部地区）两省不完全统计，共分配土地370万亩，平川一般每人4亩，山区一般每人1至3亩。国民党军队大规模进攻后，东北各地的土改工作暂时停了下来。四保临江战役胜利后，东北局于1947年6月3日发出了《关于新收复区工作的指示》，强调必须放手发动群众，坚定不移地在政治上经济上清算汉奸恶霸地主的罪恶，在轰轰烈烈的群众运动中，迅速解决土地问题，使千百万农民从汉奸恶霸地主手中拿到土地，彻底摧毁封建势力。随后，辽东分局就新收复区土改问题给各省委、各工作团写了一封信，在总结1946年土改工作的经验教训的基础上，明确指出：汉奸、恶霸、大地主是斗争的主要对象，对中小地主也必须经过农民的清算斗争，达到土地归还农民的目的。在土改工作中，陈云要求各工作团必须相信广大贫雇农，大胆工作，必须树立贫雇农的绝对优势。同时，在发动群众的过程中，也要团结中农。

1947年10月，中共中央发布了《中国土地法大纲》，辽东各地开始着手划分阶级、进行平分土地的工作。到1948年1月，辽东大部分地区基本完成了土改工作，废除了封建的生产关系，大大地激发了农民的生产热情。1948年本是自然灾害比较严重的一年，但广大农民的生产积极性空前高涨，不仅度过了饥荒，还大力地支援了前线。仅安东省除将原有耕地全部播种外，还开垦荒地40多万亩，粮食总产量达到80万吨，上交征购粮13万多吨。当然，在土改工作中，由于缺乏经验、环境紧张等主客观原因，也是存在程度不同的失误的，如没有把地主和富农严格地区分开来，也没有很好地保护工商业，在有些地方打风过甚，死人过多等等。对此，陈云还专门向中共中央和中央东北局作过总结并主动承担了责任。①其次，陈云用了很大的精力着手整顿东北的财经工作。1946年2月，由陈云任书记的中共中央北满分局向所属的5个省委和哈尔滨市委发出了《关于目前解决财政问题的几点意见》，提出了3条措施，即征收救国公粮，妥为保管，以便解决军需民用与将来进行对外贸易，解决财政困难；清算和搜集敌伪资产；恢复和发展工矿企业，征收必要的税收；暂时不宜大量发行纸币，以免通货膨胀。

同年3月，陈云在松江省通河县召开的干部座谈会上着重指出："财政经济即收与支的问题，亦即生财之道与理财之道。"在生财之道方面，他提出了6个收入来源：没收敌产，搞好税收，发行公债，征收公粮，发行钞票，开展贸易。在这6项收入中，有鉴于国民党统治时期滥发纸币，导致通货膨胀、物价飞涨，老百姓损失惨重、怨声载道的沉重教训，陈云对发钞票一向持谨慎态度。他指出："纸币发行要加以控制，不能无限制地发下去，否则必然导致恶性的通货膨胀"②。在理财之道方面，陈云提出了紧缩开支，提倡节约，发展生产，防止浪费等措施。为加强对财经工作的领导，随着战局的发展，东北局决定建立健全相应的财政管理机构。8月1日，成立了东北财政经济委员会，陈云任主任，它是党政军统一的财经行政机构，对外称东北财经办事处，全面负责东北的财政经济工作。6日，又成立了全东北的最高行政机关"东北各省市行政联合办事处"，后正式定名为"东北行政委员会"，其性质是东北人民实行地方自治的政权，是工人阶级领导的人民民主专政，是为人民服务的新民主主义政权。陈云任该委员会的党委书记。1946年10月，陈云就任辽东分局书记后，兼任辽东财经委员会主任。一次，他听说军区后勤部门采取套裁的办法，用一匹布可以制成11套军服，很高兴，因为这样可以节约很多布匹，而布匹当时是紧缺物资，所以特意要求下面把新的套裁样子送给他看。他常对辽东财委的负责人说，在辽东对经济工作他只管大政方针和重大事情，比如钞票印多少要经过他，至于方针确定后的具体工作，放手让财委和有关部门大胆去做。他十分重视发展生产与物资交流，强调在与兄弟解放区之间开展经济协作时要讲信誉，做到"先小人后君子"。就是说，在洽谈协作时，交换什么，何时交换，交换多少，要一一记入合同严格履行，怎样说就怎样做，不能违约；最后，如有可能，要尽量照顾兄弟地区，甚至可以是无偿支持，不要开始是客客气气，最后吵得不可开交。①在此前后，东北地区相继成立了银行、铁路管理总局、军区军工部、贸易总公司等机构。鉴于东北铁路多而且重要，1946年7月，成立了东北铁路总局，陈云任总局党委书记、局长。由于东北地区冬季漫长且十分寒冷，如何解决军粮和军用服装的供应问题一直是陈云非常关心的工作，对棉军服需做多厚、军鞋怎样达到保暖要求等问题，他都亲自过问。